Misato découvre avec horreur qu'Adam, le premier Ange, est enfermé dans les souterrains de la NERV, au cœur même du Geofront.
Après une confrontation avec Ryoji, qui espionne la NERV pour le compte de la SEELE, elle est obligée de garder le secret. Peu après, Shinji et l'Unité-01 sont faits prisonniers par un Ange dans la Mer de Dirac. Misato tentera le tout pour le tout afin de sauver Shinji et apprendre ce qui se trame en secret au sein de la NERV. Y parviendra-t-elle?
